Rania Assab, doctorante au labo MESuRS du Cnam

Itinéraire d’une doctorante du Cnam, experte en antibiorésistance

16 mai 2018

À 27 ans, Rania Assab a représenté le Cnam et la Comue HESAM Université lors de l'édition 2018 du concours Ma Thèse en 180 secondes. Cette doctorante en bioinformatique a remporté l’adhésion du jury et du public avec son sujet de thèse à fort intérêt sociétale : la lutte contre la propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques dans les hôpitaux.

Face à Rania, deux écrans d’ordinateur où se s’étalent des lignes de codes. Au mur, un poster, sur le bureau, des porte-clés éparpillés. Une touche joyeusement japonisante dans cet univers au premier abord austère. Au premier abord seulement, car dans ce cadre des plus sérieux, cette doctorante en bioinformatique affiche un enthousiasme et un sourire inoxydables.

« Au quotidien, globalement, je fais de la programmation. Je discute avec mon ordi », s’amuse-t-elle, en nous accueillant dans son bureau au sein du laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques pour la sécurité sanitaire (MESuRS). Cela fait maintenant trois ans qu’elle modélise la diffusion des bactéries résistantes aux antibiotiques dans les milieux de soins. « L’antibiorésistance, c’est le phénomène qui entraîne la mort de millions de personnes dans le monde et qui deviendra encore plus meurtrier que le cancer dans 30 ans si l’on ne change pas ! La France a obtenu la palme d’or européenne de l’antiobiorésistance », expose-t-elle.

L’affirmation est percutante. Et révèle un art du discours qu’elle a rôdé en préparant le concours Ma Thèse en 180 secondes (MT180). Voici quelques semaines encore, elle se frottait à ce défi de taille qui vise à intéresser le grand public à des sujets hautement techniques…

Rania Assab tout sourire

Rania Assab a représenté HESAM Université et le Cnam au concours MT180, éditition 2018.

Mettre en lumière son travail de doctorante en 3 minutes

Né au Canada, le concours MT180, dédié aux doctorant·e·s, profite d’une notoriété grandissante en France, où il est organisé sous l’égide du CNRS et la Conférence des présidents d’universités (CPU). Les règles sont simples : chaque candidat·e·s se doit de vulgariser sa thèse en trois minutes chrono. « Je trouve que c’est un très bon moyen de partager et d’intéresser un public néophyte à son sujet de thèse. Cela peut inspirer des jeunes, créer des envies ! Mais c’est aussi une belle mise en lumière du travail de doctorant. En France, la thèse ne bénéficie pas de la même reconnaissance que dans certains pays européens », déplore Rania.

Si elle a attendu sa troisième année de doctorat pour se lancer dans l’aventure, l’idée avait germé quelques années auparavant, inspirée par l’un de ses amis d’enfance, Alexandre Artaud, qui en 2015 avait décroché le premier prix du jury à la finale nationale, puis le deuxième prix du jury et le prix du public lors de la finale internationale. « La finale internationale avait alors lieu à Paris, dans le grand amphi de la Sorbonne. J’y suis donc allée pour le voir. Et j’ai trouvé ça hyper impressionnant, palpitant, captivant ! »
Son texte, Rania le peaufine longuement, remettant sans cesse l’ouvrage sur le métier. Peu à peu, elle le cisèle en s’appuyant sur les conseils de Valérie, la professeure de théâtre, et des organisatrices du concours HESAM Université, Diane, Manon et Stéphanie, lors des journées de préparation. Elle l’amende encore en s’exerçant auprès de ses collègues et de ses proches. « Tout le monde a donné de soi au labo ! Chacun m’a apporté quelque chose, me disant ce qui paraissait peu clair, ce qui devait être amélioré. » C’est finalement un texte qui lui ressemble, où transparaît son humour et sa personnalité, qui voit le jour. « C’était ardu. Car il faut quand même essayer de faire comprendre aux gens ce que tu fais depuis trois ans ! Le recours aux analogies est intéressant pour mieux faire passer ses idées. »

Défi relevé ! Le 20 mars dernier, elle a porté haut les couleurs du Conservatoire avec un beau doublé : ce jour-là, elle a remporté le prix du public et le premier prix du jury de la finale HESAM Université, tandis que sa camarade Lauriane Domette décrochait le second prix du jury. Ainsi classées, les deux lauréates ont pu participer aux demi-finales nationales de MT180.

«J’ai l’air très joviale, mais m’exprimer en public est toujours très compliqué pour moi. Ce concours m’a beaucoup apporté. C’était une super expérience humaine!», analyse Rania, aujourd'hui. Et surtout, l’occasion de valoriser ce qui la passionne dans son travail: trouver des solutions aux problématiques de santé.

La bioinformatique comme levier d’action

Pour cela, la bioinformatique, ce champ de recherche à la croisée de la science biologique avec l’informatique et des statistiques, est son levier d’action. « Il y a les biologistes, chimistes, qui en science expérimentale, réalisent des expériences in vivo. Et puis, il y a nous, qui derrière notre ordinateur, reconstruisons des phénomènes et à partir de là proposons des solutions, sans passer par l’expérimentation animale notamment ! Nous sommes complémentaires des biologistes. » Mais Rania n’a pas toujours été rompue au langage de la bioinformatique et experte en modélisations mathématiques.

Recréer des phénomènes biologiques grâce à la bioinformatique

Pour comprendre comment elle a dompté cette discipline, il faut remonter le fil de son parcours étudiant. En première année de pharmacie, elle se familiarise avec toutes les facettes du monde de la santé « comme la génétique et l’épidémiologie ». En licence à l’Université Paris-Descartes, elle découvre la bioinformatique. « J’ai apprécié cette expérience et comme je ne me voyais pas passer ma vie à travailler sur une paillasse, j’ai postulé à des masters de bioinformatique. On y a tout appris du langage informatique et du code. Or c’était un énorme challenge pour nous, élèves, qui ne venions pas du monde de l’informatique. » Grâce à l’informatique, elle recrée des phénomènes biologiques. Nulle velléité de mener un travail de thèse ne l’anime alors. Enfin, jusqu’à son stage de fin de master en 2015… qu’elle effectue au Cnam, auprès de Laura Temime, professeure des universités. Depuis, celle-ci est devenue sa directrice de thèse, preuve s’il en est, que le contact est bien passé.

Rania Assab à son bureau

À son bureau, au laboratoire MESuRS, Rania nous montre le fruit de ses modélisations informatiques.

D’une épidémie de gastro au travail de thèse

C’est une mission bien particulière qui l’attend dans ce stage : la modélisation d’une épidémie de gastro entérite en Établissement d'hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad). « La diarrhée chez les vieux. C’est sexy ! ça capte même l’attention des master 1 en soutenance », résume-t-elle en riant. Grâce à l’utilisation d’un modèle stochastique, soit l’étude de variables aléatoires dépendantes du temps, elle démontre l’impact de l’hygiène des mains pour contrer la propagation des germes infectieux. Son amour de la recherche était né. « J’ai compris que j’aimais m’impliquer dans un projet et le suivre du début à la fin. » Dans les semaines qui suivent, le temps s’accélère : elle présente son sujet de mémoire lors d’une conférence internationale en Floride et empoigne le sujet de thèse proposé par sa maîtresse de stage. La voici devenue doctorante du laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques pour la sécurité sanitaire (MESuRS).

Sujet d’étude : les entérocoques vancomycine résistants

Son nouveau compagnon de jeu a la taille d’un micromillimètre et répond au doux nom d’entérocoque résistant à la vancomycine. Le plus souvent, il prend ses quartiers dans nos intestins. Mais il peut aussi entraîner des infections des voies urinaires, des plaies et des tissus mous, particulièrement dangereux pour les patients immunodéprimés. Car les risques de septicémie, de bactériémies ou de méningites sont alors réels.

Avec ses modèles informatiques décrivant la propagation d’une épidémie provoquée par cette bactérie à l’hôpital, Rania tente d’établir la meilleure réponse possible pour contrôler le mal. Le but : limiter les coûts financiers et réduire le nombre de patients « colonisés » par ce micro-organisme. « Jusqu’à présent, personne n’avait étudié l’impact médico-économique d’une épidémie de VRE [les entérocoques vancomycine résistants, ndlr.] en milieu hospitalier », souligne-t-elle.

Évidement comme tout·e thésard·e, elle a dû surmonter les difficultés, dominer les doutes qui l’assaillaient. « On est confronté aux remises en question : est-ce que l’on fait bien son travail ? On a ce côté perfectionniste qui nous rend dingue ! En deuxième année, je me suis vraiment demandée si j’allais aboutir à des résultats solides, qui apportent quelque chose à la communauté scientifique. Le doute de soi est le plus dur à surmonter. Heureusement, j’ai un entourage qui m’a beaucoup soutenu. Il faut savoir que dans notre labo, on est une équipe vraiment soudée. » Une co-tutelle Cnam et Institut Pasteur en la personne de Lulla Opatowski, la guide dans son travail. « Laura et Lulla m’ont offert leur confiance, elles m’aident beaucoup, ne font peser aucune pression sur moi. Je leur apporte mes résultats, on en discute. »

Après trois ans d’un travail minutieux, proche du sacerdoce, Rania compte bien rendre sa thèse cet été. Et soutenir en septembre. Heureusement, pour faire face à cette échéance, elle aura tout loisir de se défouler… en participant pour la deuxième fois à la course La Parisienne, aux côtés de ses collègues cnamiennes !

Et ensuite ? Un post-doc à l’étranger ne serait pas pour lui déplaire. Mais avant cela, elle escompte bien s’immerger au Japon, pays auquel elle porte un vrai amour – comme les lecteurs attentifs l’auront compris - pour un stage linguistique. Mais là, c’est une autre histoire.